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邵玥等Nature：构建人胃类器官，揭示早期胃发育中的区域模式形成Nature——[48.5]
① 研究设计：人多能干细胞（hPS）经多胚层共发育策略构建胃类器官gastroids，再现早期胃底（fundus）-幽门窦（antrum）轴向模式。② 核心发现：神经来源的非内胚层组织形成WNT旁分泌中枢，邻近胃底区域调控区域分化；缺失该组织或阻断WNT信号将导致胃底分化缺陷而幽门窦特征占优。③ 结构特征：gastroids具自组织的双极PDX1/SOX2分子分布，包含上皮、神经和间质细胞，单细胞RNA测序显示其细胞类型与人胎胃高度匹配。④ 信号证据：神经组织特异性表达WNT2B，邻近上皮的WNT响应（TopFlash报告系统）增强，且WNT通路对胃底细胞调控强于幽门窦细胞。⑤ 关键因子：转录因子NR2F2在胃底上皮富集，其基因敲降导致胃底分化受阻，PDX1+幽门窦域异常扩展。⑥ 验证与价值：微手术去除内细胞团或使用WNT分泌缺陷的神经球组装体均消除区域化，证明该模型可精准模拟人胃发育机制。
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Human gastroids to model regional patterning in early stomach development
2025-09-10 , doi: 10.1038/s41586-025-09508-8
Cell：调控摄食行为的大脑“食欲旋钮”Cell——[42.5]
① 研究对象与方法： 论文以小鼠为模型，采用单细胞RNA测序、光遗传学及光纤钙成像技术，解析终纹床核（BNST）调控摄食行为的神经机制。② 核心发现： BNST是整合内外信号的中枢枢纽，通过接收杏仁核Pdyn神经元的甜味信号与下丘脑AGRP神经元的饥饿信号，统一控制对甜味、盐等刺激的摄食行为。③ 甜味-摄食环路： 杏仁核中央核（CEA）的Pdyn神经元特异性响应甜味，其投射至BNST的激活可驱动饮水转化为摄食行为，且需实际摄入而非单纯奖赏驱动。④ 内部状态调控： 饥饿通过激活AGRP-BNST通路增强甜味响应，使甜味摄入量增加3-4倍；盐缺乏则提升BNST对高浓度盐的敏感性，单细胞成像显示其编码刺激类型与状态。⑤ 双向调控与临床价值： 直接激活BNST可引发对甜/咸/苦味物质的非选择性摄食，而抑制BNST全面阻断摄食行为，该机制为恶病质和肥胖症治疗提供新靶点，GLP1R激动剂司美格鲁肽通过调控BNST PKCδ神经元抑制摄食。
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A brain center that controls consummatory responses
2025-09-10 , doi: 10.1016/j.cell.2025.08.021
郑钜圣/潘雄飞/潘安/邱琇等Cell子刊：孕早期肠道菌群可预警早产Cell Host and Microbe——[18.7]广信配资
① 多队列整合分析：基于中国两个独立孕妇队列共5,313例，孕早期与孕中期采集粪便和血液样本，通过16S rRNA和宏基因组测序结合宿主基因组学建立预测模型。② 核心结论：早孕期肠道菌群特征显著关联早产风险，构建的微生物风险评分（MRS）在独立队列中有效分层高风险人群。③ 标志物与模型：共鉴定11个属及无害梭菌（Clostridium innocuum）与早产风险相关，基于肠道菌群特征构建的MRS可有效区分早产高风险孕妇，其预测能力优于传统风险因素（AUC提升0.11），且在外部验证队列保持一致性。④ 关键物种机制：无害梭菌是早产的强预测因子，其携带的基因k141_29441_57（在早产孕妇中富集）编码雌二醇降解酶，能将17β-雌二醇转化为活性较弱的雌酮，提示微生物-激素轴参与早产风险调控。⑤ 基因-微生物互作：宿主多基因风险评分（PRS）与MRS存在交互效应，高微生物风险显著放大遗传风险效应。⑥ 临床意义：无害梭菌及雌二醇降解通路为早产预测提供了新的微生物生物标志物和潜在干预靶点。
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Maternal gut microbiome during early pregnancy predicts preterm birth
2025-09-10 , doi: 10.1016/j.chom.2025.08.004
NC：孕早期阴道卷曲乳杆菌或是足月妊娠的关键“信号”Nature Communications——[15.7]
① 研究设计与方法：本研究对42名日本孕妇及其45名新生儿进行前瞻性纵向追踪，通过16S rRNA基因扩增子测序，分析了从孕12周至产后1月的母体阴道、肠道及新生儿肠道微生物组的动态变化。② 核心妊娠关联：孕期母体阴道菌群以卷曲乳杆菌为主导且相对稳定，但在产后显著改变；孕早期高丰度的卷曲乳杆菌与妊娠持续超38周显著相关。③ 母体菌群关联：母体阴道的乳杆菌属丰度与肠道菌群的乳杆菌属丰度呈强正相关，提示母体不同部位菌群之间存在关联。④ 新生儿菌群演替：新生儿肠道菌群多样性在出生后4天显著下降，随后逐渐恢复，其组成随时间从母体阴道/皮肤菌群（依分娩方式）转向与母体肠道菌群更相似。⑤ 分娩方式影响：阴道分娩新生儿早期获得母体阴道菌群，剖宫产新生儿则更多携带母体皮肤菌群，分娩方式显著影响早期菌群定植轨迹。⑥ 地域特征：日本队列显示卷曲乳杆菌为阴道主导菌种，与西方人群中惰性乳杆菌的优势地位形成对比，凸显地域微生物组特征对定义健康标志物的重要性。
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Vaginal Lactobacillus crispatus in early pregnancy associates with favorable gestational outcomes in a Japanese maternal-neonatal microbiome cohort
2025-09-10 , doi: 10.1038/s41467-025-63466-3
孕产次数如何影响宝宝肠道菌群？Gut Microbes——[11]
① 研究设计与方法：一项针对746名婴儿的纵向队列研究，通过16S rRNA基因测序分析其出生后2、6、12和24个月的粪便样本，探究母亲孕产次数（parity）对婴儿肠道菌群发育的影响。② 核心结论：母亲孕产次数显著影响婴儿生命第一年的肠道菌群组成（β多样性），此效应在生命早期最强，并随婴儿年龄增长逐渐减弱，但对菌群α多样性无显著影响。③ 分娩方式的调节作用：分娩方式是关键调节因素，阴道分娩婴儿的菌群差异可持续至6个月，而剖宫产（CS）分娩因减少了母婴垂直传递，导致早期差异消失。④ 后期影响机制：值得注意的是，孕产次数的影响在CS分娩婴儿中于24个月时显现，提示家庭环境或兄弟姐妹共享菌群等长期因素可能驱动间接作用机制。⑤ 抗生素的短期影响：围产期抗生素使用仅短暂影响出生后2个月的菌群组成，未产生持续性影响。
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Parity influences on the infant gut microbiome development: a longitudinal cohort study广信配资
2025-09-09 , doi: 10.1080/19490976.2025.2557980
Cell子刊：双歧杆菌如何通过基因组“变身”，适应不同动物肠道？Cell Host and Microbe——[18.7]
① 研究设计与方法：通过对126种动物宿主的219份粪便样本进行16S rRNA扩增子测序，并结合分离自37种宿主的96株双歧杆菌（Bifidobacterium）的全基因组及功能分析，系统探究该菌属的宿主特异性适应与进化机制。② 核心发现宿主共进化：双歧杆菌与宿主存在显著的共进化关系，这一信号在哺乳动物中远强于鸟类，菌株的系统发育与宿主进化历程高度一致，揭示垂直传递与生态选择的共同作用。③ 饮食驱动功能分化：宿主饮食是塑造双歧杆菌功能多样性的核心驱动力，如灵长类因高纤维饮食富集高效降解抗性淀粉的多结构域GH13_28 α-淀粉酶，而食肉动物的整体肠道菌群也呈现出对肉食性饮食的适应性转变。④ 功能适应碳水化合物代谢：哺乳动物关联菌株普遍富集糖苷水解酶（GH），灵长类菌株通过GH13家族亚型（如GH13_9、GH13_11）实现糖原和淀粉代谢，其基因组规模更大且含更多相关功能模块。⑤ 基因组特征与结构验证：菌株基因组大小与宿主生态位紧密相关，灵长类宿主菌株基因组更大；AlphaFold3预测显示其GH13_28酶含碳水化合物结合模块（CBM25/74），从基因到结构层面阐明抗性淀粉降解能力的适应性。
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Host-specific microbiome and genomic signatures in Bifidobacterium reveal co-evolutionary and functional adaptations across diverse animal hosts
2025-09-10 , doi: 10.1016/j.chom.2025.08.008
靳津等：牛磺酸或能为IBD抗TNF治疗“锦上添花”Cellular and Molecular Immunology——[19.8]
① 研究背景与方法：通过对炎症性肠病（IBD）患者的肠道组织进行单细胞转录组学和代谢组学分析，发现牛磺酸和次牛磺酸代谢通路在炎症状态下被显著激活。② 核心发现：肠道牛磺酸水平与IBD的疾病严重程度呈负相关，其产生是促炎性肿瘤坏死因子（TNF-α）在肠道上皮细胞中诱导的一种内源性保护机制。③ 上游调控机制：TNF-α通过激活NF-κB1（p50）信号，上调牛磺酸合成关键酶（CSAD、ADO和CDO1）的表达，促进肠道上皮细胞合成并释放牛磺酸。④ 下游抗炎机制：牛磺酸通过调控巨噬细胞内钙信号，诱导核酸酶血管生成素的产生；这种酶能特异性降解因炎症应激释放到胞质的线粒体RNA（mtRNA），从而阻断RIG-I/MAVS及TLR7等模式识别受体的激活。⑤ 关键信号通路：mtRNA的清除抑制了下游I型干扰素的产生及Jak-STAT1信号通路活化，最终减弱肠道炎症反应。⑥ 实验验证与意义：在小鼠模型中，肠上皮细胞特异性敲除牛磺酸合成酶或血管生成素均会加剧结肠炎，而补充牛磺酸可有效缓解炎症，提示其可作为抗TNF疗法的协同增效剂。
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Intestinal taurine acts as a novel immunometabolic modulator of IBD by degrading redundant mitochondrial RNA
2025-09-08 广信配资, doi: 10.1038/s41423-025-01344-0
曾欣等：肠道代谢物IPA靶向肝脏巨噬细胞，抑制肝纤维化Cellular and Molecular Immunology——[19.8]
① 研究设计与对象：本研究结合临床样本代谢组学分析与多种肝纤维化动物模型，系统探究了肠道菌群代谢产物吲哚-3-丙酸（IPA）的抗纤维化作用及其细胞和分子机制。② 核心调控机制：肠源性IPA经肠-肝轴直接靶向肝脏巨噬细胞，通过激活芳香烃受体（AhR），一方面抑制NF-κB/S100A8/A9信号轴，阻断促纤维化S100A8/A9⁺巨噬细胞的表型转化；另一方面调控AhR/SPHK2/S1P信号通路，削弱其促炎和促纤维化功能。③ 临床现象关联：肝硬化患者及纤维化小鼠体内IPA水平均显著降低，且其水平与肝纤维化临床评分呈显著负相关，提示IPA的缺失与肝纤维化进展密切相关。④ 精准靶向验证：采用先进的DAOSLIMIT活体成像技术，在活体动物模型中动态、可视化地证实了口服的IPA优先被肝脏中的F4/80⁺巨噬细胞（而非肝星状细胞或肝细胞）特异性捕获。⑤ 关键靶点确认：巨噬细胞特异性敲除AhR可完全阻断IPA的抗纤维化疗效，而肝星状细胞或肝细胞中的AhR敲除则不影响其效果，从而明确了巨噬细胞是介导IPA发挥作用的关键靶细胞。⑥ 临床转化潜力：在三种不同病因诱导的肝纤维化模型中，口服IPA均表现出良好的安全性和显著的抗纤维化、抗炎效果，证实其作为肝纤维化治疗候选药物的潜力。
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Gut-derived indole propionic acid alleviates liver fibrosis by targeting profibrogenic macrophages via the gut‒liver axis
2025-09-08 , doi: 10.1038/s41423-025-01339-x
康亮等：点燃“冷”肿瘤！KDM4A或可为大肠癌免疫治疗破冰Autophagy——[14.3]
① 研究对象与方法：通过整合临床样本分析、多组学测序及小鼠模型，探究赖氨酸去甲基化酶4A（KDM4A）在调控结直肠癌（CRC）细胞衰老与肿瘤免疫微环境中的作用及其机制。② 核心调控轴发现：研究证实KDM4A是驱动CRC细胞衰老和免疫激活的关键因子，其通过全新的KDM4A-AGT-PHB1信号轴，抑制线粒体自噬，进而触发免疫反应，抑制肿瘤生长。③ 上游表观遗传机制：KDM4A通过其去甲基化酶活性，特异性移除血管紧张素原（AGT）启动子区域的H3K9me3抑制性组蛋白修饰，从而在转录层面直接上调AGT的表达。④ 下游线粒体自噬调控：上调的AGT会招募E3泛素连接酶TRIM21，促进线粒体内膜蛋白PHB1的泛素化降解，破坏PHB1/PHB2蛋白复合物的稳定性，进而抑制PINK1-PRKN通路介导的线粒体自噬。⑤ 免疫激活与SASP分泌：线粒体自噬受阻导致线粒体DNA泄露至胞质，激活cGAS-STING天然免疫信号通路，促进衰老相关分泌表型（SASP）关键趋化因子分泌，招募CD8+ T淋巴细胞浸润至肿瘤。⑥ 临床转化与治疗意义：KDM4A过表达能增强微卫星高度不稳定（MSI-H）型CRC的抗PD-1疗效，并逆转错配修复功能完整（pMMR）型CRC的免疫治疗抵抗；基于此机制构建的KAP评分系统可有效预测pMMR患者的免疫治疗响应。
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KDM4A-induced tumor senescence enhances the efficacy of immunotherapy by inhibiting AGT-PHB1 axis-mediated mitophagy in colorectal cancer
2025-09-09 , doi: 10.1080/15548627.2025.2551680
黄娜等：靶向脂质代谢，逆转大肠癌肝转移的抗VEGFA耐药性Autophagy——[14.3]
① 研究模型与问题：本研究利用高脂饮食小鼠模型及体外实验，探究转移性结直肠癌肝转移（mCRC）中，肿瘤血管内皮细胞（TECs）的脂代谢重编程如何介导抗VEGFA治疗（如贝伐珠单抗）耐药性。② F3调控耐药核心机制：TECs高表达的凝血组织因子F3/CD142通过抑制MAPK/JNK-MAPK/ERK-TP53/p53信号轴介导的自噬-溶酶体通路，稳定脂肪酸氧化（FAO）关键酶CPT1A的蛋白水平，从而驱动耐药。③ F3双调控脂代谢通路：F3通过上调脂质摄取蛋白（CD36/FABP5）促进外源性脂质摄入，并通过脂噬分解胞内脂滴，形成脂质摄取与代谢的正反馈，维持TECs增殖。④ 临床相关性与预后：临床数据分析显示，mCRC患者肿瘤中F3和CPT1A的高表达与贝伐珠单抗治疗的不良预后显著相关。⑤ 联合治疗新策略：靶向FAO的抑制剂（如依托莫西）联合抗VEGFA治疗可克服耐药，显著抑制肿瘤血管生成及肝转移，为mCRC治疗提供新方向。
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Endothelial F3-mediated autolysosome and lipid metabolism promote resistance to anti-VEGFA therapy in metastatic colorectal cancer
2025-09-08 , doi: 10.1080/15548627.2025.2551720
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